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武汉肺炎病毒基因谱公开,近80%似SARS,泰国现首例

来源:MedSci 2020-01-14 18:08

导语:武汉不明原因肺炎病毒有何新进展?


自去年12月底武汉地区暴发的"不明肺炎"中国疾控联合专家组上周宣布初步判定是由新型冠状病毒引起。

武汉市卫生健康委员会1月13日通报截图

武汉市卫生健康委员会关于新型冠状病毒感染的肺炎情况昨日晚间最新通报称,2020年1月12日0—24时,无新增新型冠状病毒感染的肺炎病例,治愈出院1例,无新增死亡病例报告。
截至目前,武汉市累计报告新型冠状病毒感染的肺炎病例41例,已治愈出院7例,在治重症6例,死亡1例,其余患者病情稳定,患者均在武汉市定点医疗机构接受隔离治疗。累计追踪密切接触者763人,已解除医学观察76人,尚在接受医学观察687人,密切接触者中,没有发现相关病例。
1月12日,上海公共卫生临床中心联同武汉中心医院、华中科技大学、武汉市疾病预防控制中心、中国疾病预防控制中心、中国医学科学院、悉尼大学等多家研究机构在virological.org、基因库网站GISAID联合公布了其中一个武汉不明肺炎感染个案的基因排序。


全球共享流感数据倡议组织
全球共享流感数据倡议组织(英语:GISAID Initiative,简称GISAID)总部位于德国慕尼黑,建立于2008年5月,是由全世界一组权威的医学科学家组建,该组织致力于改善流感数据的共享。共有包括7位诺贝尔奖得主在内的超过70位顶尖科学家签署了这份协议。GISAID提供一个包含可以让公众访问的数据库平台。GISAID在其网站百慕生物"聚焦"发布了中国疾控中心、中科院、中国医学科学院上传的新型冠状病毒基因图谱消息,并称这对于研发该种新型冠状病毒的检测诊断及新型干预策略的研究十分重要。


在基因库网站GISAID百慕生物


在基因库网站GISAID百慕生物2019新型冠状病毒电镜照片

GISAID网站介绍称新型冠状病毒与蝙蝠中发现的某些冠状病毒相似,但有别与此前发现的SARS\MERS冠状病毒



初步谱系分析结果(局部) https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov注:基因序列可在GISAID官网(需注册)、http://virological.org/t/initial-genome-release-of-novel-coronavirus/319下载
病毒系统发育树显示来自武汉新型冠状病毒的6个样本结果,武汉冠状病毒以红色表示,而相关的SARS样冠状病毒以蓝色表示。
此前多国医学专家在美国《科学》网站表示要求中国分享包括基因测序谱在内的流行病学与病理性学信息,以便联合研究疾病对策。


世界卫生组织(WHO)推特截图

世界卫生组织(WHO)随后在官方推特也发表声明,收到中国疾控部门的基因谱数据,并将此次检出之病毒命名为2019-nCoV(2019新型冠状病毒)。新型冠状病毒(2019-nCoV)的基因序列使各国能够开发特定的诊断工具,快速识别并治疗感染者,确保更好的治疗结果和病毒控制。世界卫生组织(WHO)重申,继续在中国开展调查,以确认病毒源头和动物宿主至关重要。对于中国针对这种新型冠状病毒的调查和在武汉实施的应对措施,世界卫生组织(WHO)表示,其质量是能够保证的。
香港大学李嘉诚医学院微生物学系传染病学讲座教授袁国勇在香港卫生防护中心的记者会上表示,根据病毒基因图谱,将其相关图谱的基因排序与网上其他排序比较,最接近的是浙江舟山蝙蝠类SARS冠状病毒。



根据病毒基因图谱,此新型病毒与浙江省舟山蝙蝠的冠状病毒基因最接近

涉及武汉肺炎的新病毒属于冠状病毒2B分型,其基因排序与SARS病毒的基因有73%相同,而且与两种从蝙蝠身上找到的病毒属"近亲"。

爱丁堡大学的进化生物学家Andrew Rambaut根据发布的基因谱分析出,该病毒与严重急性呼吸系统综合症(SARS)相关的Sarbecoviruses成员(冠状病毒属的一个亚属)具有89%的相似性。


美国非盈利组织环保生态健康联盟(EcoHealth Alliance)副主席、疾病生态学家Kevin J Olival也在其推特上发布其基于RdRp的410bp的初步分析的系统发育树表明确实武汉冠状病毒与SARS相关的冠状病毒进化枝有簇聚关联。

Kevin J Olival发布的关于武汉肺炎的冠状病毒系统发育树

整体而言,此次涉及武汉肺炎的冠状病毒,都是类似蝙蝠类SARS病毒,但仍是一个新型、类似SARS的冠状病毒。
蝙蝠是一类很特别的动物,它们是哺乳动物,却会飞,也是唯一会飞的哺乳动物。蝙蝠的免疫系统异常强大,携带多种病毒,本身却不会发病。而且,许多人类爆发的严重传染病是由蝙蝠传播而来。
《中国科学报》近期专访了中国科学院院士、中国科学院生物物理研究所研究员饶子和表示,此前发现的SARS冠状病毒、MERS冠状病毒在自然界的天然宿主就是蝙蝠,虽然MERS冠状病毒疫情是由骆驼传播导致。
石正丽等团队在病原学期刊PLoS Pathogens揭示了SARS冠状病毒可能的重组起源

注:中科院武汉病毒研究所石正丽团队曾在2005年在菊头蝠身上找到了和SARS病毒相似的冠状病毒,并在当年将成果发表于《科学》(Science)。13年之后,石正丽等人终于在云南昆明地区一个小山洞里的蝙蝠身上发现了SARS病毒所有基因组成,并完成了对SARS病毒的基因测序及溯源工作。发现成果发表于病原学期刊PLoS Pathogens上(见截图)

饶子和说,此前数次冠状病毒交手,都是本来以野生动物为宿主的病毒从动物传播到人导致的。这提醒我们,保护好野生动物的生存环境或许是远离野生动物病原感染的最好方式。减少对蝙蝠等野生动物栖息地的侵扰,避免这些天然宿主与人畜的密切接触,这对防止传染病的发生非常重要。
世界卫生组织昨日表示,一名从中国武汉前往泰国旅游的游客1月8日在泰国被确诊为感染了新型冠状病毒,并于当天被送往泰国的医院接受治疗。这也是首例在中国以外地区发现的感染病例。世界卫生组织称并不感到意外,但可能触发紧急专家委员会讨论。
世卫组织表示,已启动世卫组织内部三级沟通机制(国家、地区、总部),继续与中国卫生部门紧密沟通,鉴于目前情况,世卫组织总干事谭德塞博士(Tedros Adhanom Ghebreyesus)将进一步咨询紧急专家委员会意见,并可能将于近期召开紧急委员会会议对疫情进行评估,但目前仍然不建议对中国实施任何旅行或贸易限制。世卫组织在其官网刊载急性呼吸流行病防控全球指南


世卫组织中国代表处也在其官方微博提醒,春节期间计划注意措施,保护自己。

1)  保持手卫生
2)  咳嗽或打喷嚏时捂住口鼻
3)  将肉蛋彻底做熟
4)  避免与呼吸道患者密切接触
5)  避免近距离接触野生动物或活牲畜
6)  不要随地吐痰

武汉卫生健康委同时提醒,目前正处于冬春季传染病高发季节,应注意保持室内空气流通,尽量避免到封闭、空气不流通的公众场合和人群集中地方,必要时可佩戴口罩。如有发热、呼吸道感染症状,特别是持续发热不退,要及时到医疗机构就诊。
冠状病毒具有高传染性,对所有人,尤其是幼儿、老人、肥胖、孕妇、有基础疾病的这类易感人群来说依然具有较大感染风险。加上春节临近,伴随大量人员流动,或增加疾病防控难度。对此,我们依然不能掉以轻心。所有已经采取的防控措施仍然要继续严格执行,甚至要加强,全力预防可能发生的大流行风险。

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